منبع رطوبت سالن مرغداری شامل دو بخش است :
1- رطوبت بستر
2- رطوبت فضا.

اگر میزان رطوبت سالن زیاد شود سبب تولید آمونیاک، ظهور بیماری کوکسیدیوز و رشد میکروارگانیزم هایی مانند باکتری و قارچ می‌شود و اگر هم میزان رطوبت کم باشد سبب افزایش گردوغبار، افزایش بیماری، افزایش هزینه‌های تهویه و… می‌شود. بهتر است که رطوبت بستر برای جوجه‌گوشتی 20 تا 40 و برای مرغ‌های بالغ 10 تا 20 درصد باشد. همچنین رطوبت فضای سالن در ابتدای دوره پرورش 65 تا 70 درصد و سپس با افزایش سن پرنده به 50 تا 60 درصد تقلیل یابد.

انجام تهویه و داشتن یک سیستم کارآمد در سالن مرغداری به دلایل زیر ضروری است:

•  مرغ یک موجود زنده است و احتیاج به هوای تازه و اکسیژن دارد.
• مدیریت و دفع رطوبت اضافی در سالن پرورش.
• تحقق بخشیدن به مدیریت دما.
• دفع گازهای سمی.

اگر تهویه به‌درستی انجام نگیرد سبب فعالیت میکروارگانیزم ها بر روی بستر و درنتیجه تولید گازهای سمی می‌شود که مسمومیت تنفسی، کاهش تولید و ضعف جوجه گوشتی را می‌تواند به همراه داشته باشد.

واکسیناسیون در گله جوجه گوشتی بایستی مطابق با به‌کارگیری یک برنامه جامع و مدون از سوی سازمان دامپزشکی باشد. مهم‌ترین بیماری‌هایی که طیور گوشتی را علیه آن‌ها واکسینه می‌کنند شامل برونشیت عفونی، نیوکاسل، گامبورو است. همچنین برای مصرف واکسیناسیون می‌توان از روش‌هایی همانند اسپری، قطره چشمی، آشامیدنی و تزریقی استفاده نمود.