در غيراينصورت ممکن است مشکلاتی در جوجه در آوری ايجاد گردد. معمولاً تخم ها به مدت يک هفته جمع آوری و در درجه حرارت و رطوبت مناسب نگهداری شده و سپس تخم های بی نطفه از دستگاه خارج می گردند. در روز سی و هشتم تخم ها به هچر منتقل شده و تا زمان خروج از تخم در دستگاه باقی می مانند. بهتر است جهت خشک شدن و فعاليت نسبی پرنده، به او اجازه داد تا به مدت 6 تا 12 ساعت دردستگاه هچر باقی بماند و سپس خارج گردد. بهداشت دستگاه و سالن جوجه کشی بسيار مهم بوده و بايستی حتی الامکان از ورود افراد متفرقه به محيط جوجه کشی خودداری شود. جوجه ها به هنگام تولد وزنی در حدود 700 تا 1000 گرم دارند. بند ناف توسط آيودين ضدعفونی می گردد. کف بينی های هچری نيز بايد اصطکاک کافی داشته باشند تا از بازشدن پاها درجوجه جلوگيری به عمل آيد. چنانچه جوجه نتواند از تخم خارج شود بايستی به جوجه کمک شود. اين امر نياز به کسب تجربه کافی داشته و هر گونه مداخله عجولانه سبب نتايج منفی درهچ خواهدشد. موقعيت مکانی ساختمان جوجه‌کشی:‏محل قرار گرفتن ساختمان جوجه‌کشی تحت تاثير عوامل مختلفی قرار دارد، از جمله آنها می‌توان به عدم استقرار ‏هر نوع مزرعه پرورش طيور تا شعاع 500 متری از ساختمان جوجه‌کشی و در ارتباط با گله‌های مولد فاصله ای حدود ‏‏100 متر را اشاره کرد. در شکل زير نقشه ساختمان جوجه‌کشی يک مزرعه شترمرغ نمايش داده شده است. ساختمان جوجه‌کشی:‏مواد و تجهيزات مورد استفاده در ساختمان جوجه‌کشی بايد قابل تميز کردن و شستشو با فشار آب زياد باشند و در ‏اثر استفاده از مواد ضد عفونی کننده دچار خوردگی و فساد نشوند. کف سالن جوجه‌کشی بايد فاقد درز و يا برآمدگی ‏باشد تا از تکان شديد تخم‌ها در هنگام حمل و نقل جلوگيری به عمل آيد. تمامی اتاقها بايد دارای کانال زهکشی و ‏هواکش بوده، گوشه اتاق‌ها گرد و تمام وسايل برقی مورد استفاده در اين ساختمان بايد در برابر نفوذ آب مقاوم باشند.‏ توجه به اندازه دربها و راهروها نکته مهمی است که در هنگام ساخت بايد مد نظر قرار بگيرد چرا که وجود راهروهای ‏تنگ و دربهای باريک در ساختمان باعث ايجاد مشکلات عديده بخصوص در هنگام تغيير در ابعاد راکها که بر اثر ‏تغيير ماشين ستر و يا هچر ايجاد می‌گردد خواهد شد.‏ کف و ديوارهای اتاق تا سقف بايد با کاشی سفيد پوشيده شده باشند تا وجود کوچکترين آلودگی در آنها مشخص ‏گردد، هر چند که تميز بودن سطوح هيچ ارتباطی به پاکی و استريل بودن سطح نخواهد داشت.‏ توجه به کف سازی و ايجاد شيب مناسب سالن در جهت زهکشی‌ها از ديگر مسائل مهم ساختمان جوجه‌کشی است ‏چرا که باقی ماندن آب پس از شستشو علاوه بر اتلاف وقت سبب افزايش بار ميکروبی و افزايش هزينه‌های ضدعفونی ‏محل خواهد گرديد. به طور کلی نبايد در هنگام ساخت و تاسيس ساختمان جوجه‌کشی هيچگونه صرفه جويی صورت ‏گيرد چرا که اين امر علاوه بر کاهش توليد و جوجه درآوری منجر به افزايش هزينه‌های جاری در طی ساليان بعد ‏خواهد شد.‏ جمع آوری تخم از آشيانه:‏شترمرغها به صورت يک روز در ميان و معمولاً در بعد از ظهرها تخم می‌گذارند که لازم است اين تخمها هر چه ‏سريعتر جمع آوری شده و به سالن جوجه‌کشی منتقل گردند. در مزارع پرورش شترمرغ يکی از تخم‌ها در لانه باقی ‏مانده و بقيه تخمها برداشته می‌شوند، اين راهکار ساده شترمرغ را تشويق به تخمگذاری بيشتر می‌نمايد. تخمهايی که ‏مدت زمان بيشتری در آشيانه باقی می‌مانند به چند علت از نظر جوجه درآوری ضعيفتر خواهند بود:‏ ‏1.‏ غلت خوردن تخم در آشيانه توسط پرندگان بالغ ‏2.‏ در معرض سرما و آلودگی قرار گرفتن تخمها ‏3.‏ نفوذ آلودگی به لابلای منافذ تخم ‏4.‏ قرارگرفتن تخمها در معرض نور خورشيد که در نتيجه آن دمای داخل تخم بيش از حد افزايش خواهد يافت.‏ جمع آوری تخم در مزارع شترمرغ لزوماً با دست انجام گرفته و برای اين منظور بهتر است برای جمع‌آوری هر تخم از ‏يک دستکش يکبار مصرف و يا يک دستمال کاغذی سالم و تميز استفاده کرد، دليل انجام اين کار آن است که دست ‏خود کارگر به علت جمع آوری تخمهای متعدد از پن‌های مختلف َالوده شده و برداشت هر تخم احتمال انتقال ‏آلودگی و نفوذ ميکروارگانيسمها را به داخل تخمهای ديگر افزايش می‌دهد.‏ در هنگام جابجايی تخمها از هرگونه حرکت شديد و ضربه پرهيز کنيد تا نطفۀ تخم دچار آسيب نشود برای رسيدن به ‏اين منظور می‌توان از ابرهای فشرده و يا ظرفهای پلاستيکی جهت حمل تخم‌ها به ساختمان جوجه‌کشی استفاده ‏نمود. ابر فشرده مورد استفاده در انتقال تخم شترمرغ‏ جهت ضد عفونی ابرها در پايان هر روز ابرها را شسته و در اتاق دود قرار داده تا هرگونه آلودگی آنها از بين برود. از ‏مشکلات جمع آوری تخمها در مزارع می‌توان به دسترسی مشکل کارگرها به تخم‌های گذاشته شده در انتهای هر پن ‏اشاره کرد. در نتيجه در برخی از مزارع برای آنکه بتوانند زمان و محل تخم گذاری حيوان را تحت کنترل داشته باشند ‏در زير سايه‌بان پن، لانۀ تخمگذاری می‌سازند و درون آن تخمی که قبلاً محتوياتش خالی و با مواد ديگر پرشده است ‏قرار می‌دهند تا مرغ را ترغيب به تخمگذاری درآن محل نمايند. در هنگام جمع آوری تخم اطلاعاتی همچون تاريخ ‏تخمگذاری، شمارۀ گروه توليدمثلی و شمارۀ پن مولد نيز ثبت می‌گردد. بدون اين اطلاعات اوليه، الگوی ژنتيکی گله ‏اصلاح نژادی قابل تشخيص نخواهد بود.‏ ورود تخم به جوجه‌کشی:‏ اولين کار پس از ورود تخم‌ها به ساختمان جوجه‌کشی، تميز و ضدعفونی کردن تخمها است. ورود تخم‌های ‏کثيف به داخل جوجه‌کشی سبب افزايش مرگ و مير جنين و جوجه‌ها خواهد شد، همچنين به علت نفوذ ميکروب به ‏داخل پوسته قابليت هچ پايين آمده و يا جوجه هايی با کيفيت پايين متولد خواهند شد. اين قبيل مشکلات سبب افزايش ‏ضايعات هفته اول پرورش خواهد گرديد. جهت تميز کردن و ضدعفونی تخم‌ها می‌توان گرد و غبار و آلودگيهای ‏سطحی تخم را با يک برس نرم، تميز کرد. تا حد امکان از شستن تخم‌ها با آب بپرهيزيد، زيرا اين عمل اغلب باعث ‏ترکيدن تخم به علت آلودگی به مايکوپلاسما خواهد شد، چنانچه تخم خيلی کثيف باشد می‌توان آن را با آب گرمی ‏که دمای آن ‏F‏ ˚10بيشتر از دمای خود تخم است شست.‏ روش‌های ضدعفونی تخم‌ها:‏ ‏1.‏ استفاده از گاز اوزون ‏2.‏ مه پاشی ماده ضدعفونی کننده مانند‎ virkon-s ‎ ‏3.‏ دود دادن با پرمنگنات پتاسيم و فرمالين‏ ‏4.‏ ترکيبات کلره ‏5.‏ ترکيبات چهارتايی آمونيوم ‏6.‏ الکل و اسيد سيتريک در هر صورت روشهای اصول بهداشتی در رابطه با تخم هميشه بحث برانگيز بوده است اما آنچه که مشخص است رابطۀ ‏مستقيمی بين ترشح و ترکيدن تخم در ستر با شستشوی تخم وجود دارد.‏ پس از زدودن آلودگی از روی تخمها آنها را به اتاق دود انتقال داده که جهت دود دادن از پرمنگنات پتاسيم وفرمالين ‏استفاده می‌شود (مقدار ماده مورد نياز جهت ضد عفونی هر متر مکعب شامل 7 گرم پرمنگنات و 14سی سی فرمالين ‏است). در هنگام دود دادن به دمای اتاق توجه کنيد، حرارت اين اتاق در بهترين حالت‏c˚ 27 و رطوبت نسبی آن 75% ‏توصيه می‌گردد. اتاق دود می‌بايستی کوچک و مطابق با ظرفيت تخم‌ها ساخته شود و دارای مکنده ای قوی بوده تا به ‏سرعت بتواند اتاق را از گاز خالی نمايد. برای دود دادن تخم‌ها از ظروف فلزی و يا سفالی استفاده می‌گردد، از به کار ‏گيری ظروف پلاستيکی پرهيز کنيد چرا که در اثر حرارت ايجاد شده آب خواهند شد. جهت مخلوط کردن مواد توجه ‏کنيد که فرمالين بر روی پرمنگنات بايد ريخته شود. زمان دود دادن تخمها حدود 20 دقيقه بوده و برای اين کار بهتر ‏است از پريزهای تايمری استفاده گردد تا هيچگاه خطايی در رابطه با روشن کردن هواکشها رخ ندهد. ‏ طول مدت ذخيره کردن تخم در انبار 10-2 روز در دمای‏‎ ‎‏ ‏c˚20-16 و رطوبت نسبی 75-70 % می‌باشد. حفظ درجه ‏حرارت محيطی کمتر از ‏c˚3/18 به ما اجازه می‌دهد که مدت زمان انبار تخم‌ها قبل از انکوباسيون را افزايش دهيم، ‏همچنين نگهداری تخم‌ها در دمای بالای ‏c˚5/20 موجب کوتاه شدن مدت زمان ذخيره سازی تخم در انبار، افزايش ‏متابوليسم و از دست دادن بيش از حد آب تخم می‌گردد. مدت زمان ذخيره سازی تخم‌ها و کيفيت سفيده با هم ‏ارتباط دارند، به گونه‌ای که در اوايل دوره تخمگذاری که کيفيت آلبومين بالا است می‌توان طول مدت نگهداری ‏تخم را افزايش داد و هر چه از دوره تخمگذاری می‌گذرد به علت کاهش کيفيت آلبومين مدت زمان نگهداری تخم ‏شترمرغ در اتاق نگهداری کاهش می‌يابد. به هر صورت تخم بايستی حداقل يک روز دراتاق نگهداری بماند، علت اين ‏امر انجام عمل کندلينگ در اين اتاق جهت تشخيص کيسه هوايی تخم و کاهش غلظت سفيده است. در طول مدت ‏نگهداری، تخم‌ها يک تا دو بار در روز با زاويه 45 درجه از حالت عمودی چرخانيده می‌شوند تا به حرکت زرده به ‏طرف اتاقک هوايی کمک نمايد. ‏ به محض اينکه اتاقک هوايی تخم شترمرغ بر اثر کندل کردن آن مشخص گرديد تخمها را بايستی طوری قرار داد که ‏اطاقک هوايی در سمت بالا قرار گرفته و تخم با سطح افق زاويه 45 درجه را تشکيل دهد. چنانچه تشخيص کيسه هوايی ‏ميسر نباشد چرخاندن تخمها بايستی به صورت افقی صورت بگيرد، در اين حالت تخمها به صورت افقی خوابانده شده ‏و هر بار 180 درجه می‌چرخند، به طوری که هر بار يک طرف تخم در زير قرار می‌گيرد. چرخش يکبار در جهت ‏عقربه‌های ساعت و در نوبت بعدی در خلاف جهت عقربه‌های ساعت خواهد بود. ‏ چرخاندن تخمها بايد تا حد امکان با ملايمت صورت بگيرد زيرا تخمها نسبت به لرزيدن و تکان خوردن بسيار حساس ‏بوده که اين حساسيت در مراحل ابتدايی انکوباسيون بيشتر است، در ضمن داشتن يک دستگاه شمارنده برای ثبت تعداد ‏دفعات چرخش و بازديد روزانه نيز مفيد می‌باشد.‏ 1 روز قبل از خروج تخمها از اتاق سرد و ورود آنها به دستگاه ستر دمای اتاق را به مرور افزايش داده تا در هنگام ورود ‏تخمها به دستگاه ستر هيچ يک از آنها عرق نکنند، در ضمن در اين روز بر روی تخمها برچسب زده می‌شود که حاوی ‏اطلاعاتی نظير شمارۀ تخم، تاريخ ورود تخم به ستر و... خواهد بود، بهتر است درج اطلاعات تخم در داخل دفاتر ‏جوجه‌کشی در همين روز صورت گيرد که شامل اطلاعاتی نظير جدول زير خواهد بود.‏ رديف شماره ‏تخم شماره ‏والدين تاريخ تخمگذاری ورود به ‏ستر وزن ‏ستر محل تخم ‏در ستر حذف ‏شدن وزن ‏هچری حذف هچری وزن ‏تولد تاريخ ‏تولد شماره ‏پلاک ‏12 ساعت پيش از انتقال تخم‌ها به ستر مجددا به آنها دود داده می‌شود. به خاطر داشته باشيد که بلافاصله بعد از دود ‏دادن نمی‌توان تخم‌ها را به دستگاه جوجه‌کشی منتقل کرد زيرا اين کار باعث آسيب ديدن نطفه خواهد شد. ‏ انتخاب تخم جهت جوجه‌کشی:‏تمامی تخم‌های توليد شده توسط مادران مولد جهت جوجه‌کشی مناسب نيستند مانند تخم‌های شکسته، کثيف و ‏يا دارای اشکال نامناسب، از ورود اين تخم‌ها به جوجه‌کشی پرهيز نماييد. تخم‌های خيلی بزرگ و يا خيلی کوچک ‏قابليت جوجه درآوری کمتری نسبت به تخم‌های متوسط دارند، همچنين مدت زمان جوجه درآوری تخم‌های خيلی ‏بزرگ طولانی تر از تخم‌های کوچک تر است و به درجه حرارت بالاتری جهت جوجه‌کشی نياز دارند.‏ دستگاه جوجه‌کشی:‏ انکوباتورها را می‌توان به دو دسته «يک مرحله ای» که در آن همه تخم‌ها با هم و به طور همزمان وارد دستگاه شده ‏و در يک روز از تخم خارج می‌شوند و «چند مرحله ای» که ورود تخم‌ها به ستر و تفريخ تخم‌ها در زمان‌های ‏مختلف صورت می‌گيرد تقسيم‌بندی کرد.‏ از عوامل مؤثر بر جوجه‌کشی موفق می‌توان به ژنتيک و تغذيه مولدين، بهداشت، طراحی صحيح جايگاه مولدين، ‏انتخاب دستگاه جوجه‌کشی مناسب، طراحی صحيح ساختمان جوجه‌کشی اشاره کرد.‏ ‏ 4 عامل مهم در انکوباسيون مصنوعی تخم‌های شترمرغ بايد مد نظر قرار بگيرد:‏ ‏ 1- درجه حرارت 2- رطوبت نسبی 3- تهويه ‏4- چرخش تخم ها از بين فاکتورهای فوق درجه حرارت انکوباتور مهم ترين فاکتور است. درجه حرارت دستگاه انکوباسيون بينF˚98-90 ‏می‌باشد، اما بهترين درجه حرارت ‏F˚6/97 است، همچنين رطوبت نسبی آن 28-15درصد در جريان هوای زياد ( 5 تا ‏‏30 بار گردش هوا در ساعت)، غلظت دی اکسيد کربن حداکثر 03/0% و غلظت اکسيژن بالای20% باشد. مدت زمان ‏لازم جهت انکوباسيون تخم‌های شترمرغ (از ورود تخم به دستگاه ستر تا ورود به دستگاه هچر) حدود 35-39 روز ‏خواهد بود. درجه حرارت دستگاههای انکوباتور با توجه به موقعيت ساختمان داخلی دستگاه، اندازه و وزن تخم‌ها و ‏تعداد تخمی که در دستگاه قرار می‌گيرد متفاوت خواهد بود.‏ آب در بخش جوجه‌کشی جهت مقاصد شستشو و ايجاد رطوبت در اتاق انکوباسيون مورد استفاده قرار می‌گيرد، اين ‏آب بايد دارای استاندارد آبهای مورد استفاده انسان باشد، شمارش کلی فرم آب صفر و ميزان «کل باکتری موجود در ‏آب» در آن حداقل باشد (200 تا 300 به ازای هر ميلی ليتر آب) در غير اين صورت می‌توان به آب کلر زد ‏‏(‏ppm‏5)، حتی در اين شرايط نيز باکتری پزودوموناس می‌تواند هنوز زنده بماند و تحت تنوع زيستی تکثير پيدا کند، ‏بخصوص در تانکرهای ذخيره سازی آب و لوله‌های کهنه آب که محتويات آهن بالايی دارند. حضور باکتری ‏پزودوموناس در آب سبب افزايش ترکيدگی تخم‌ها خواهد شد و محتويات تخم گنديده تا شعاع يک متری تخم‌های ‏ديگر را آلوده ميکند.‏ در روز 14 جوجه‌کشی لازم است که تخم‌ها کندل شوند، هدف از اين کار مشخص کردن نطفه‌داری تخم‌ها و ‏خروج تخمهای بی نطفه از دستگاه است. تخمها در داخل انکوباتور تحت شيب 45 درجه با سطح افق قرار گرفته به ‏گونه ای که کيسه هوايی به سمت بالا بوده و هر 3 تا 4 ساعت تخم يک دور کامل می‌چرخد. برای اطمينان از گردش ‏تخم‌ها می‌توان از شماره اندازهای موجود بر روی راکها استفاده کرد.‏ اگر تعداد کمی از تخم‌ها بيش از حد رطوبت خود را از دست داده باشند بايد آنها را جدا کرده و در دستگاه ديگری ‏با رطوبت بالاتر قرار داد و از طرفی بالا بودن رطوبت داخل انکوباتور نهايتا باعث کاهش از دست رفتن آب درون تخم‏، خيس و پف کردن جوجه‌های هچ شده خواهد شد.‏ کاهش درجه حرارت انکوباتور و ايجاد استرس سرمايی منجر به عقب افتادگی و رشد غيرطبيعی سيستم گردش خون و ‏قلب، کاهش رشد و توسعه غشاهای جنينی و در نتيجه کاهش بازده تنفسی، کاهش استفاده از کيسه زرده و آلبومين می‌‏گردد.‏ بهترين روش جهت مطمئن شدن از مناسب بودن حرارت دستگاه، استفاده از دماسنج‌های فارنهايت می‌باشد. استفاده از ‏اعداد نمايش داده شده توسط نمايشگر دستگاه انکوباتور قابل اعتماد نبوده و سبب بوجود آمدن هچ ناموفق خواهد شد.‏ در طول دوره جوجه‌کشی 15-13% وزن تخم به واسطه تبخير آب داخل آن و از دست دادن دی‌اکسيدکربن کاهش ‏می‌يابد که اين عمل باعث افزايش حجم کيسه هوايی شده به طوری که اندازه کيسه هوايی به 3/1 وسعت فضای داخل ‏تخم شترمرغ در پايان دوره جوجه‌کشی می‌رسد و همين امر باعث تامين اکسيژن لازم جهت تنفس جنين قبل از خروج ‏از تخم می‌گردد.
قالب وردپرس